万所长的原文在前，我的回复在后。依次对应。见下。
在工商部门注册的非盈利机构面临的主要问题有（不区别个体工商、合伙企业或有限责任公司）：
1、会计制度不同：工商注册机构会计制度更加严格，不方便机构资助类似儿童上学、病人看病之类的事情。
回复：
两者的会计制度不同。其根本性在于，民间非营利会计制度中没有所有者权益这个概念！而只有净资产。说白了，就是没有公司制度下的所有者。（其实，仔细想想，所谓的全民所有制企业，不也就是没有所有者？要不怎么说全民所有制企业所有者缺位呢？当然这是另外的一个话题，按下不表。）
不过，我并不认同万所长所称：工商注册机构会计制度更加严格。相反，我认为民间非营利会计制度更严格才对。简单说明：因为对非营利组织来说，有所谓限定性净资产一说。也就是表明，从理论上讲，组织对限定性净资产的使用，无论单个捐赠者的捐赠数额多小，都必须对资金的使用情况详细加以说明，否则就从法理上违反了公益事业捐赠法。所以，我认为相比企业会计制度来说，非营利会计制度对机构的要求更严格。
至于万所长所称：不方便机构资助类似儿童上学、病人看病之类的事情，我猜，是指企业在经受外部审计时，会被审计方对上述活动提出质疑，而使审计这关不好过。
我的理解，所谓审计，是要用公道，维护企业"公"这方面的利益。举例来说，比如合伙企业、有限责任公司这样的企业，所谓的"公"的利益，是指全体合伙人或者全体股东的共同利益。因此，如果企业的经营者或者其他人员个人未经充分授权，以可疑的理由（比如明显与公司经营无关的活动）向可疑的人员（比如不是公司内部人员）对外支付资金，那么从公司整体财务资金安全这个角度考虑，当然就会受到诸如这些资金是否通过非法手段流出企业、从而被私分等等的这些质疑。
我的理解，这就是审计师提出质疑的理由。
返回来说，如果像爱知行这样的"公司"，真的资助了儿童上学、病人看病，那么我认为，当面对审计质疑时，需要准备好儿童上学以及病人看病时的真实有效的发票。也就是说，以这些发票所代表的公信力，来证明，公司的资产是用在了公益救助活动上（而且要有证据说明这些活动与公司的业务有关），而并非个人通过不正当的手段私分了资产。
2、纳税的负担：工商注册和民政注册机构同样面临营业税的问题，但面对基金组织捐赠款，民政注册机构接收赠款容易一些，受到法律保护，工商机构复杂一些；近期，部分银行处理工商注册机构的赠款也严格很多。接收赠款，无论工商机构或民政注册机构，无须缴纳营业税，但政府或银行可能有不同解释。涉及外汇汇款，外汇局也会来管理。工商注册机构需要缴纳企业所得税，机构年底结余需要纳税；民政注册不存在这个问题，可以把节余留下来以后用。一些机构税收统一核算，按照收入比例或一定金额纳税。
回复：
企业所得税法规定，不仅仅是工商注册的机构需要纳税，非营利机构也必须缴纳所得税。只不过，非营利机构在企业所得税的问题上享有工商注册机构不享有的优惠。其具体规定是，第二十六条
企业的下列收入为免税收入：……（四）符合条件的非营利组织的收入。（见于：企业所得税法）；
第八十四条 企业所得税法第二十六条第（四）项所称符合条件的非营利组织，是指同时符合下列条件的组织：
（一）依法履行非营利组织登记手续；
（二）从事公益性或者非营利性活动；
（三）取得的收入除用于与该组织有关的、合理的支出外，全部用于登记核定或者章程规定的公益性或者非营利性事业；
（四）财产及其孳息不用于分配；
（五）按照登记核定或者章程规定，该组织注销后的剩余财产用于公益性或者非营利性目的，或者由登记管理机关转赠给与该组织性质、宗旨相同的组织，并向社会公告；
（六）投入人对投入该组织的财产不保留或者享有任何财产权利；
（七）工作人员工资福利开支控制在规定的比例内，不变相分配该组织的财产。
前款规定的非营利组织的认定管理办法由国务院财政、税务主管部门会同国务院有关部门制定。
第八十五条 企业所得税法第二十六条第（四）项所称符合条件的非营利组织的收入，不包括非营利组织从事营利性活动取得的收入，但国务院财政、税务主管部门另有规定的除外。
（以上见于：企业所得税法实施条例）
除以上明文规定外，在实务中，即使是获得正式注册的非营利组织，其收入是否能免交所得税，也必须经过税务机关备案后才能执行。
3、国际基金会的要求：很多国家法律和基金会内部章程限制基金组织资金流入企业机构，限制基金用于税收。中国工商注册机构从事非盈利工作，需要签署非盈利声明和股东不瓜分项目余款的声明。基金组织提供赠款前，需要修改组织内部章程。但是，接收赠款组织需要纳税，依然是一个问题，很多基金组织不提供这笔钱。
回复：
按新公司法（2006年1月实行）的规定，第三十五条
股东按照实缴的出资比例分取红利；公司新增资本时，股东有权优先按照实缴的出资比例认缴出资。但是，全体股东约定不按照出资比例分取红利或者不按照出资比例优先认缴出资的除外。
因此，我认为，工商注册的机构可以由全体股东自由约定为"不分配利润"。（相关分析参见资料：股东之间约定公司利润分配比例有效吗？http://www.ngocn.org/?uid-4065-action-viewspace-itemid-55673）我认为，这样的准"非营利"的约定，具有法律效力。我的设想：这样的章程是不是可以代替基金会所要求的非盈利声明？
4、资产所有权问题：民政注册机构，资产属于公共事业，法人代表和理事会不能随意转移资产，如果出现法人代表擅自转移资产，理事会可以代表公共事业去追讨资产，基金组织也可以依照法律追讨赠款。工商注册机构，资产属于个人，法人代表具有相当权利，也承担巨大责任。工商机构股东会按照章程拥有机构资产，依照工商法规处理资产问题。一旦法人代表转移资产，或股东分红，基金组织很难追讨捐款。
回复：
按我的理解，新公司法扩大了公司的自治权。我设想，在经由公司股东组成公司权力机构决定解散清算事宜时，是否可以约定全体股东不分配财产？
5、法律责任：民政注册机构，理事会承担重要法律责任，而工商机构，根据注册情况，无限责任机构法人代表承担主要责任，但股东连带责任，有限责任公司法人承担主要责任。
回复：
我感觉，虽然非营利组织被迫注册为工商机构，但也应按真正的非营利组织的要求来要求自己。
我的建议，是否可以在互联网上完全公开公司账目的方式最大限度地做到公开透明，以换取公众的信任？
基于我对企业会计制度和非营利会计制度的学习和认知，我甚至感觉，可以在类似工商注册的非营利机构的会计实务上，将工商和民政的"两本账"统一起来。
6、机构性质：有一天，民政局可能来到工商注册的非盈利机构，宣布该机构未经民政注册和非法开展活动而加以取缔，正如2009年7月17日发生在公盟办公室的情况。电脑被没收、保险柜被没收、出版物被没收等。
回复：
此次公盟的事件，我觉得，在公盟没有公布"对税务处罚的申辩书"及"听证会律师证词"之前，有相当多的人对公盟是有误解的。就我知道的，我平常接触较多的NGO圈里的人，就有人认为公盟就是偷漏了税，因而认为此次的税务处罚合情合理合法。
我觉得这件事的教训在于，公盟的透明度工作做得还不够好。尤其是在财务方面。因此造成，"不明真相"者众，而第一时间就坚决站出来的支持者寡的局面。
在 09-7-28，Wan Yanhai<wanyanhai@hotmail.com> 写道：
> 工商注册社会组织及其管理问题
> 万延海
>
> 三十年前，中国共产党人带领中华人民共和国和中国人民进入改革开放时代。改革开放时代的一个重要特征是两手政策，经济上搞活、政治上严打。中国宽松的公司法规和严厉的社团法规，就是这种政策的体现。
>
> 在世纪之交，中国和美国签署正常贸易关系，中国加入世界贸易组织，中国签署联合国经济社会文化权利公约、公民权利和政治权利公约，中国成功申办奥运会，政府出台《政府信息公开条例》，显示政治经济全面开放和走进世界的姿态。同时，互联网开始在中国普及；除直接针对中国共产党统治的挑战信息，中国政府对互联网持开放态度。近期绿坝事件的含义，有待于进一步观察。互联网哺育了中国公民社会，推动民主的发展。
>
> 中国人民的生存危机，环境恶化、公共卫生灾害、内心的焦虑、贫困、土地和居住等问题，推动了中国公民社会及其组织的发展。2003年春天的萨斯流行，出现严重国家安全危机和人民生命危机，民权运动和民权律师出现在中国的舞台上。
>
> 中国宪法宣称人民结社自由，但社团法却限制人民建立社会组织。在中国建立社会团体或民办非企业单位需要有主管单位，需要有民政主管部门的审批，所谓双重管理机制。中国对社会组织的双重管理体制极大地限制了人民结社自由和公民社会组织的发展。
>
> 进入21世纪后，中国出现很多公民社会组织。大量组织没有注册，部分组织在工商部门注册。在工商部门注册的组织涉及公共卫生、环境保护、残障人服务、教育、民工权益、法律人权、政治权利等。
>
> 北京红枫妇女热线是1990年代中期依托公司存续下来的社会组织。1987年，妇女研究所在中国管理科学研究院下成立。1995年秋天，世界妇女大学在北京召开，美国总统夫人希拉里通过美国使馆联系妇女研究研究所王行娟，提出会见。消息传到中南海后，王行娟成为惩罚的目标，连带中国管理科学研究院，发现该机构在中顾委老人庇护下竟然没有注册。问题大了，妇女研究所被摔了出来。妇女研究所随后挂在一家商业公司里，直到现在。
>
> 在工商部门注册的非盈利机构面临的主要问题有（不区别个体工商、合伙企业或有限责任公司）：
> 1、会计制度不同：工商注册机构会计制度更加严格，不方便机构资助类似儿童上学、病人看病之类的事情。
> 2、纳税的负担：工商注册和民政注册机构同样面临营业税的问题，但面对基金组织捐赠款，民政注册机构接收赠款容易一些，受到法律保护，工商机构复杂一些；近期，部分银行处理工商注册机构的赠款也严格很多。接收赠款，无论工商机构或民政注册机构，无须缴纳营业税，但政府或银行可能有不同解释。涉及外汇汇款，外汇局也会来管理。工商注册机构需要缴纳企业所得税，机构年底结余需要纳税；民政注册不存在这个问题，可以把节余留下来以后用。一些机构税收统一核算，按照收入比例或一定金额纳税。
> 3、国际基金会的要求：很多国家法律和基金会内部章程限制基金组织资金流入企业机构，限制基金用于税收。中国工商注册机构从事非盈利工作，需要签署非盈利声明和股东不瓜分项目余款的声明。基金组织提供赠款前，需要修改组织内部章程。但是，接收赠款组织需要纳税，依然是一个问题，很多基金组织不提供这笔钱。
> 4、资产所有权问题：民政注册机构，资产属于公共事业，法人代表和理事会不能随意转移资产，如果出现法人代表擅自转移资产，理事会可以代表公共事业去追讨资产，基金组织也可以依照法律追讨赠款。工商注册机构，资产属于个人，法人代表具有相当权利，也承担巨大责任。工商机构股东会按照章程拥有机构资产，依照工商法规处理资产问题。一旦法人代表转移资产，或股东分红，基金组织很难追讨捐款。
> 5、法律责任：民政注册机构，理事会承担重要法律责任，而工商机构，根据注册情况，无限责任机构法人代表承担主要责任，但股东连带责任，有限责任公司法人承担主要责任。
> 6、机构性质：有一天，民政局可能来到工商注册的非盈利机构，宣布该机构未经民政注册和非法开展活动而加以取缔，正如2009年7月17日发生在公盟办公室的情况。电脑被没收、保险柜被没收、出版物被没收等。
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王钢
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